Pšenica je, mahom, formirala drugo kolence. U ovoj fazi je pravo vreme za prvi tretman pšenice protiv bolesti, obzirom da postoji velika opasnost da se u povoljnim uslovima pojave pepelnica, rđa i lisna pegavost. Pepelnica se javlja manje-više svake godine i javlja se na donjim spratovima. Ukoliko zahvati list zastavišar i kasnije klas pravi velike štete.
Rđa se javlja pri povećanoj vlažnosti vazduha. Pravi ranice na naličju lista preko kojih biljka gubi vodu. Pegavost je opasna u kombinaciji sa poleganjem pšenice. Sve ove bolesti se javljaju gotovo istovremeno i mogu naneti velike štete u prinosu i kvalitetu pšenice. U principu, vremenski uslovi koji pogoduju razvoju bolesti su visoka vlažnost vazduha i toplo vreme. U današnje vreme važi pravilo da se pšenica mora tretirati protiv bolesti. Tretman se vrši preventivno, bez čekanja da se simptomi bolesti uoče. Tada najčešće biva kasno da se bilo šta efikasno uradi. Danas postoji čitav niz zaštitnih sredstava, fungicida, užeg i šireg spektra dejstva, koje efikasno rešavaju problem bolesti u pšenici.